| 21. Spieltag | 05.02.2017 | Preußen Münster | - | Hansa Rostock | 3:1 | ||||
| 22. Spieltag | 12.02.2017 | MSV Duisburg | - | Preußen Münster | 3:2 |  |
|||
| 23. Spieltag | 18.02.2017 | Preußen Münster | - | SG Sonnenhof Großaspach | 3:0 | ||||
| 24. Spieltag | 25.02.2017 | 1. FSV Mainz 05 II | - | Preußen Münster | 3:1 | ||||
| 26. Spieltag | 10.03.2017 | 1. FC Magdeburg | - | Preußen Münster | 1:0 | ||||
| 27. Spieltag | 14.03.2017 | Preußen Münster | - | FSV Frankfurt | 2:1 | ||||
| 28. Spieltag | 17.03.2017 | Werder Bremen II | - | Preußen Münster | 0:1 | ||||
| 29. Spieltag | 25.03.2017 | Preußen Münster | - | VfR Aalen | 2:1 | |
|||
| 30. Spieltag | 02.04.2017 | SV Wehen Wiesbaden | - | Preußen Münster | 1:0 | ||||
| 31. Spieltag | 05.04.2017 | Preußen Münster | - | Sportfreunde Lotte | 1:0 | ||||
| 33. Spieltag | 15.04.2017 | Preußen Münster | - | Fortuna Köln | 4:2 | ||||
| 34. Spieltag | 23.04.2017 | Rot-Weiß Erfurt | - | Preußen Münster | 0:0 | ||||
| 35. Spieltag | 30.04.2017 | Preußen Münster | - | FSV Zwickau | 5:1 | |
|||
| 36. Spieltag | 07.05.2017 | Chemnitzer FC | - | Preußen Münster | 0:3 | |
|||
| 37. Spieltag | 13.05.2017 | SC Paderborn 07 | - | Preußen Münster | 1:0 | ||||
| 38. Spieltag | 20.05.2017 | Preußen Münster | - | Jahn Regensburg | 0:1 |
Deutschland